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感染甲型肝炎时，甲肝病毒在肝细胞内复制增殖，机体会出现一系列免疫应答，引起肝细胞损害，表现为肝细胞坏死和炎症反应。甲肝病毒可被机体的免疫反应清除，一般不会发展为慢性肝炎、肝硬化或者病毒性携带状态。
感染乙肝病毒时，乙肝病毒在肝细胞内复制，虽不直接引起肝细胞病变，但乙肝病毒基因可整合于宿主的肝细胞染色体中，从而产生远期后果。乙肝的肝细胞损伤主要是通过机体的一系列免疫应答造成的，机体的免疫应答既可清除病毒，同时也导致肝细胞损伤，甚至迫使乙肝病毒变异。
对丙型和戊型肝炎的发病机制，目前了解较少。有研究结果提示，丙型和戊型肝炎的发病机制也与机体的免疫应答有关，肝细胞的损伤主要是由机体的免疫应答导致。
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